首先，洁净实验室设计过程当中，空调设备是一个关键，因为温度以及湿度的控制可以说是实验室的核心要点，每个实验室针对温度、湿度等方面的要求都具备了相当高的精度，并且还需要空调设备拥有故障率较低的优势。
（一）无菌实验室整体结构：
1、无菌实验室设计的各项建筑物应坚固耐用、易于维修、易于清洁，并具备能防止食品、食品接触面及内包装材料遭受污染(如有害动物的侵入、栖息、繁殖等)的结构。
2、为防止交叉污染，应分别设置人员通道及物料运输通道，人员通道应按洁净室通道要求严格执行，各通道应装有空气幕(即风幕)或双向弹簧门及电子灭蝇(蚊)器等防虫设施。
3、须将通向外界的管路、门窗和通风道四周的空隙完全填充，所有窗户、通风口和风机开口均应装上防护网。
4、无菌实验室的高度应能满足工艺、卫生要求，以及设备安装、维护、保养的需要。
（二）洁净实验室的操作台
无菌工作区最好用无菌操作台，或者用洁净工作台代替，需要放置在离门最远的地方。
（三）洁净实验室的地面
无菌实验室设计的地面应使用无毒、防滑、不渗水、不吸水、无裂隙且易于清洗消毒的建筑材料铺砌(如耐酸砖、水磨石、混凝土等)，地面应有适当坡度(以1.0~1.5%为宜)。
（四）无菌实验室屋顶与天花板
1、屋顶和天花板应选用不吸水、表面光洁、无毒、防霉、耐腐蚀、易清洁的浅色材料覆涂。推荐阅读：洁净厂房设计规范 2、食品及食品接触面暴露的上方不应设有蒸气、水、电气等辅助管道，以防止灰尘或冷凝水等落入。
（五）无菌实验室墙壁与门窗
1、无菌实验室的墙壁应采用无毒、不吸水、不渗水、防霉、平滑、易清洗的浅色材料构筑，用此材料装修高度应直至屋顶。
2、所有门窗结构应采用防锈、防潮、易清洗的密封框架。
（六）无菌实验室采光、照明设施
无菌实验室应有充足的自然采光或人工照明，加工场所工作面的混合照度不应低于300lux，配料及灌装车间不应低于800lux。
（七）无菌实验室空气处理净化设施
1、无菌实验室必须安装有效的通风设备，其空气流向应从清洁区域流向非清洁区域，采用机械通风时，换气量应大于3次/小时。
2、无菌实验室温度应控制在15~27℃之间，湿度控制在50%以下为宜。
3、无菌实验室入口处应分别设有人员和物料的净化设施。
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